Vlaky na území Prahy: linky S1-S9, R3-R5, S29, S41, S80, trať 122 (provozní doba 4.00–24.00)
Od 14. prosince 2008
Linky S = osobní vlaky, Linky R = rychlíky a spěšné vlaky (trojmístné číslo za označením linky je číslo tratě)
| S1 011 | Masarykovo nádraží – Libeň – Kyje – Dolní Počernice – Běchovice – Klánovice – [Úvaly – směr Český Brod a Kolín] |
| S2 231 | Masarykovo nádraží – Vysočany – Horní Počernice – [Zeleneč – směr Lysá nad Labem a Nymburk] |
| S3/R3 070 | Vršovice – Hlavní nádraží – Vysočany – Satalice – Kbely – Čakovice – [Hovorčovice – směr Neratovice a Všetaty] |
| S4/R4 091 | Masarykovo nádraží – Holešovice zastávka – Bubeneč – Sedlec – [Roztoky u Prahy – směr Kralupy nad Vltavou] |
| S5/R5 120 | Masarykovo nádraží – Bubny – Dejvice (Hradčanská) – Veleslavín – Ruzyně – [Hostivice – směr Kladno a Kamenné Žehrovice] |
| S6 173 | Smíchov – Hlubočepy – Holyně – Řeporyje – [Zbuzany – Rudná u Prahy – směr Beroun] |
| S7 171 | Hlavní nádraží – Smíchov – Velká Chuchle – Radotín – [Černošice – směr Řevnice a Beroun-Popovice] |
| S8 210 | Hlavní nádraží – Vršovice – Krč – Braník – Modřany – Komořany – Zbraslav – [Jarov – Vrané nad Vltavou – směr Čerčany] |
| S9 221 | Hlavní nádraží – Vršovice – Strašnice – Hostivař – Horní Měcholupy – Uhříněves – Kolovraty – [Říčany – směr Čerčany a Benešov u Prahy] |
| S29 221 | Vysočany – Hlavní nádraží – Vršovice – Strašnice – Hostivař – Horní Měcholupy – Uhříněves – Kolovraty – [Říčany – směr Strančice] |
| S41 ML | Libeň – Holešovice – Bubeneč – Sedlec – [Roztoky u Prahy] |
| S80 210 | Hlavní nádraží – Vršovice – Krč – Braník – Modřany – Komořany – Zbraslav – [Jarov – Vrané nad Vltavou – směr Dobříš] |
| – 122 | Hlavní nádraží – Smíchov severní nástupiště – Žvahov – Jinonice – Cibulka – Stodůlky – Zličín (Sídliště Řepy) – [Hostivice – směr Rudná u Prahy] |